TAKSONOMI NOMENKLATUR
Untuk memahami setiap kelompok organisme perlu dilakukan pengklasifikasian. Klasifikasi, tata nama, dan identifikasi adalah tiga hal yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat didefinisikan sebagai penyusunan organisme ke dalam kelompok taksonomik berdasarkan kemiripan atau hubungannya. Klasifikasi organisme prokariotik seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat melalui eksperimen seperti juga teknik observasi, karena sifat-sifat biokimia, fisiologi, genetic, dan morfologi sering kali sesuai untuk deskripsi yang akurat dari takson.
Tatanama (nomenklatur) adalah penamaan suatu organisme melalui aturan internasional menurut ciri khasnya.
Identifikasi merujuk pada penggunaan praktis skema klasifikasi:
1. Untuk mengisolasi dan membedakan organisme yang diinginkan dari organisme yang tidak diinginkan,
2. Membuktikan keaslian atau sifat-sifat khusus suatu biakan atau dalam situasi klinik,
3. Untuk mengisolasi dan mengidentifikasi organisme penyebab suatu penyakit.
Informasi yang bernilai untuk mengidentifikasi bakteri adalah secara mikroskopis dengan menetapkan beberapa kriteria identifikasi seperti:
1. Pewarnaan Bakteri
Salah satu cara untuk melihat dan mengidentifikasi bakteri adalah dengan pewarnaan. Zat warna yang digunakan adalah derivate sintetik dari aniline. Pewarnaan bakteri merupakan suatu proses fisika-kimiawi. Zat warna yang bersifat basa akan bereaksi dengan asam nukelat sel bakteri yang bermuatan negative sehingga bakteri dapat diwarnai.
2. Morfologi Koloni
Skumpulan sel bakteri pada perbenihan padat akan tampak sebagai koloni. Untuk melihat koloni bakteri, ada beberapa hal yang perlu diperhatikan adalah:
a. Ukuran diameter
b. Ada tidaknya pigmen
c. Bentuk koloni
d. Biakan pada lempeng agar
Sifat-sifat koloni yang tumbuh pada permukaan medium bisa dibedakan menjadi dua, yaitu:
a. Sifat-sifat umum koloni, seperti:
1) Besar kecilnya koloni
2) Bentuk koloni
3) Kenaikan permukaan koloni
4) Halus kasarnya permukaan koloni
5) Wajah permukaan koloni
6) Warna koloni
7) Kepekatan koloni
b. Sifat-sifat khusus koloni, seperti:
1) Sifat koloni yang tumbuh pada agar lempengan
2) Sifat koloni yang tumbuh pad agar miring
3) Sifat koloni pada tusukan dalam gelatin
3. Sifat-sifat Biokimia
Di dalam proses metabolisme ada zat-zat yang masuk atau zat-zat yang disusun dan ada pula zat-zat yang dibongkar dan kemudian dikeluarkan sisa-sisanya. Untuk mengetahui hal yang dikeluarkan oleh bakteri, maka dilakukan dengan tabung fermentasi. Tabung fermentasi adalah untuk mengetahui bahwa spesies tersebut menghasilkan gas dan asam.